Atualmente joga pelo CD Motagua, com a camisa número 32. Atua principalmente como Médio. Valor de mercado atual: 150K .

Última movimentação: Empréstimo do Lobos UPNFM para o CD Motagua em 2026-06-29.

Em 24 jogos na Primeira Divisão Hondurenha 2025-2026, jonathan nunez fez 2 golos e 0 assistências, com 0 passes chave de 0 totais e -% de precisão.