Saat ini ia bermain untuk CD Motagua, mengenakan kaus bernomor 32. Ia bermain terutama sebagai Gelandang. Nilai pasar saat ini diperkirakan sebesar 150K .

Perpindahan terakhirnya adalah Pinjaman dari Lobos UPNFM ke CD Motagua pada 2026-06-29.

Dalam 24 penampilan di Divisi Pertama Honduras 2025-2026, jonathan nunez mencatatkan 2 gol dan 0 assist, sambil menyelesaikan 0 umpan kunci dari total 0 umpan dengan akurasi passing -.