Jonathan Núñez adalah pemain sepak bola profesional berusia 24 tahun dari HON. Saat ini ia bermain untuk CD Motagua, mengenakan kaus bernomor 32. Di tingkat internasional, ia mewakili Honduras U23. Ia bermain terutama sebagai Gelandang. Nilai pasar saat ini diperkirakan sebesar 250K .

Perpindahan terakhirnya adalah Pinjaman dari Lobos UPNFM ke CD Motagua pada 2026-06-30.

Dalam 2 penampilan di Divisi Pertama Honduras 2025-2026, Jonathan Núñez mencatatkan 0 gol dan 0 assist, sambil menyelesaikan 0 umpan kunci dari total 0 umpan dengan akurasi passing -.