Actualmente juega para el CD Motagua, con el dorsal 32. Juega principalmente en la posición de Centrocampista. Su valor de mercado actual se estima en 150K .

Su último movimiento fue un Préstamo del Lobos UPNFM al CD Motagua el 2026-06-29.

En 24 presencias en la temporada 2025-2026 de la Primera División de Honduras, jonathan nunez registró 2 goles y 0 asistencias, además de completar 0 pases clave de un total de 0 pases con una precisión de pases de -.